Fehler in der Lohnsteuer haben oft auch sozialversicherungsrechtliche Auswirkungen, insbesondere im Hinblick auf die Beiträge zu Kranken-, Renten-, Pflege- und Arbeitslosenversicherung sowie Umlagen. Hier muss der Arbeitgeber tätig werden, wenn ihm Unstimmigkeiten zur Kenntnis gelangen, da es ansonsten zu einer strafbaren Handlung kommen kann. Das Landessozialgericht Baden- Württemberg hat in einem Fall entschieden, dass der Prüfbericht einer Lohnsteueraußenprüfung unverzüglich bei der Deutschen Rentenversicherung vorzulegen war. Wird das nicht gemacht, so liegt bedingter Vorsatz hinsichtlich einer Hinterziehung von Sozialversicherungsaufwendungen vor.
Das gilt insbesondere dann, wenn der Bericht der Lohnsteueraußenprüfung belastende Feststellungen enthält. Im Extremfall können Sozialversicherungsbeiträge noch bis zu 30 Jahre später im Rahmen einer Sozialversicherungsprüfung nachgefordert werden. Hinzu kommt, dass auch Säumniszuschläge anfallen können, die sich mit der Zeit regelrecht auftürmen.